個人事業の確定申告ではe-Taxを用いて電子申告しています。
電子申告をすれば税務署に行くこと無く、自宅ですべての申
請ができるため楽ですし、還付金が戻ってくるのも早くて便
利です。
個人で電子申請をする場合は、マイナンバーカードに公的個
人認証サービスから電子証明書を発行してもらい、ICカード
リーダーで読み込むといったかなり環境構築に手間がかかり
ます。
法人で電子申告する場合は、代表個人の電子証明書を使うこ
ともできますし、法人自身の電子証明書を新たに作成して使
うこともできます。
法人の電子証明書の発行手順は個人とは違っていて、
①自宅のパソコンに専用ソフトを入れて申請ファイルを作る
②法務局に①で作ったファイルを持参して申請し、電子証明
書発行確認票をもらう（ここで印紙税がかかります）
③再び自宅のパソコンで電子証明書発行確認票にあるシリア
ル番号を入力して、電子証明書を取得する
といった、3ステップをとります。
家→法務局→家、といった物理的な移動が発生します。
では、順にみていきましょう。
オンライン申請ガイドブック
http://www.e-gov.go.jp/doc/pdf/guidebook.pdf
商業登記電子証明書はじめてガイド
http://www.moj.go.jp/content/001219788.pdf
電子証明書取得のご案内
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00028.html